O Portal da Transparência não tem ferramenta de geração de certidão. Assim, os órgãos têm utilizado, no lugar da certidão, a pesquisa negativa no CEIS com os parâmetros da empresa ou pessoa física que se deseja consultar. E como a consulta é em tempo real, isso traz a vantagem de eliminar a preocupação com período de validade e renovações de certidões, pois o órgão interessado pode atualizar a consulta sempre que desejar.

Os registros constantes no CEPIM têm como base as informações inseridas no Sistema Integrado de Administração Financeira (Siafi) pelos órgãos e entidades da Administração Pública Federal concedentes de recursos. São consideradas impedidas as entidades privadas sem fins lucrativos que possuem convênios ou outros instrumentos no Siafi com irregularidades não resolvidas dentro do prazo legal previsto. Assim, eventuais esclarecimentos ou solicitações para a correção de informações do CEPIM deverão ser requeridas diretamente junto aos órgãos e entidades que concederam o recurso que originou o processo em que está registrada a irregularidade.

Neste caso, as informações sobre a penalidade anulada serão retiradas do Cadastro de Expulsões da Administração Federal (CEAF).