O curso de mestrado em Arqueologia  da UNIVASF busca fomentar a realização de pesquisas de relevância dentre os diversos campos de interesse da Arqueologia, incluindo temas e abordagens transversais que de alguma forma dialoguem com este campo do conhecimento. Nesse caso, diferencia-se por considerar em sua organização, linhas de pesquisa, cursos e corpo docente e discente, as diferentes interfaces disciplinares que caracterizam o campo; a relação dinâmica entre grupos sociais, o meio e a materialidade; a conexão necessária com as demandas sociais do presente; as relações entre patrimônio arqueológico e a sociedade em diferentes temporalidades e espaços e; finalmente, questões e estratégias atreladas com a sua preservação, fruição e gestão.  

O ingresso no PPArque acontece por meio de Edital. A entrada é anual, podendo acontecer seleções em períodos intermediários.